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政治与高地性聚落、大型墳丘墓
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外交
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弥生后期，公元57年，北九州的奴国王向乐浪郡派遣使者，并接受了刻有“汉倭奴国王”字样的金印。50年后，倭国王师升率领众多小王朝贡，再次接受金印。这一时期，关于倭国的疆域是否包含本州或仅限于九州仍存在争论，但可以推测已经形成了一定区域范围的统治。
随后，卑弥呼被推举为共主，并建造了被认为是其墓葬的箸墓古坟，标志着进入古坟时代。
总体而言，弥生时代虽以一词概括，但“国”的形成始于前期，尤其是中期，到了后期，这一统一过程进入最终阶段。
弥生中期后半开始的高地性聚落
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作为传统上被认为是防御性聚落的类型之一，高地性聚落在弥生时代中期后半至末期（IV期后半至末期）以及后期中叶至末期（V期中叶至末期）频繁出现在濑户内海沿岸至大阪湾一带。这类聚落位于比一般弥生时代聚落更高的地点（相对平地的高度差为50至300米以上），其分布范围从北部九州扩展到北陆、中部及东海地区。1970年代之前，一般认为畿内IV期大致与北部九州后期前半相当，畿内V期对应后期后半，实际年代约为公元50年至250年。
高地性聚落与倭国大乱
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史书记载的“倭国大乱”大致发生在2世纪后半至末期，与当时的年代学对应于畿内IV期末至V期前半。因此，长期以来高地性聚落的盛行被视为倭国大乱导致的结果。然而，随着畿内与九州年代对应关系的修正，倭国大乱被重新归类为畿内V期后半至末期，与畿内IV期的高地性聚落并不同时。因此，目前主流观点认为畿内IV期的高地性聚落与倭国大乱无关。
关于畿内IV期的高地性聚落，有观点认为这一时期可能存在未被史书记载的战争，但也有观点认为无需假设战争背景。后者的支持者认为，这些聚落可能是为了监视海上交通，或是从事以旱作农业为主的生活方式，因此无需居住在更适合水田耕作的低地。另一方面，后期后半的近畿高地性聚落（如大阪府和泉市的观音寺山遗址和高槻市的古曾部遗址）因其环壕防御结构，被认为是山城，与史书记载的倭国大乱年代几乎一致，因此被普遍视为与倭国大乱有关。
后期的地方势力扩张与大型墳丘墓的出现
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虽然主要发生在倭国大乱之前，但随着时间推移，大型聚落逐渐控制小型聚落，聚落内的首领阶层逐步壮大。首领阶层开始被埋葬在墳丘墓中，这反映了身份差异的出现。弥生时代后期，不同地区的墓葬形式差异日益显著。在近畿周边出现了方形低墳丘墓，在山阴（出云）至北陆地区出现了四隅突出墳丘墓，而在濑户内地方则出现了大型墳丘墓。
吉备地区
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在濑户内地方的吉备地区（现今冈山县与广岛县东部），弥生后期规模最大的墳丘墓是冈山县仓敷市的盾筑墳丘墓（最大长度约80米）。这一地区的首领葬礼使用了大量特殊器台形陶器和特殊壶形陶器，这些陶器起源于吉备地区，随后分布至美作、备前、备中和备后地区，发展中心位于备中南部的平原，并未扩展至周边区域，这是其一大特征。
山阴地区
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山阴地区的墳丘墓被认为起源于中国山地的三次地区，并在出云地区发展成熟。出现了四隅突出型墳丘墓（较大的墓长约45米，宽约35米），这些墓运用了堪比后来的古坟时代的土木技术，其分布从出云地方扩展至北陆的能登半岛。出云地区的安来和西谷墳丘墓群中发现了台形陶器和壶形陶器，显示出吉备和出云两地可能存在同盟关系。
各地墳丘墓的样式融合导致古坟的形成
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这些墓葬的特点逐渐融合，形成了后来的古坟（如前方后圆坟）。弥生时代的地方势力可以大致分为北部九州、吉备、山阴、近畿、三远地区（东海）和关东势力。随着时间推移，这些地方势力逐渐联合形成一个更大的势力。为了扩大水田农业所需的农田及获取铁制农具，以及围绕区域间交易的争端，各地之间的战争不断推动了时代的进程。在近畿地区，环壕聚落最早出现在弥生前期末期，并在中期以后逐渐普及。
乱与卑弥呼
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《魏志倭人传》记载，在卑弥呼统治邪马台国之前，各地诸国相互对立，频繁攻伐。此外，《后汉书·东夷传》中提到，在桓帝和灵帝期间，倭国大规模混乱。
近年来，随着对畿内弥生时代IV、V期年代的重新校订，这些事件被认为大致对应于弥生时代后期后半至末期（V期后半至VI期）。这一时期，畿内为中心的高地性聚落出现在从北部九州延伸至濑户内海、山阴、北陆、甚至东海地区以东的广泛区域。此外，环壕聚落的数量也明显增多，这些现象被普遍视为倭国大乱的证据。
然而，与前代相比，此时期武器发展有限，尤其是近战武器在随葬品之外的发现极少，同时受伤人骨的数量较少。因此，具体的战斗频繁发生的观点并未得到广泛支持。关于倭国大乱的具体争端性质，目前尚未得到明确解答。
邪马台国畿内说与九州说
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根据邪马台国畿内说，从考古学角度来看，北部九州势力向大和迁移的直接物证较少。近年来的研究更倾向于认为，北部九州的势力以获取铁等资源和大陆舶载品为中心，建立了一套物流体系，而畿内势力试图重组这套体系，由此引发了冲突。另一方面，邪马台国九州说则认为，弥生时代后期中叶以后，濑户内海地区的铁器出土量明显少于北部九州，而铁器制造技术也明显落后于北部九州。关于倭国大乱的起因，有观点将其与记纪神话中的神武東征相联系，认为北部九州的势力南下迁移至大和并建立了大和朝廷。
日本与中国的交易
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中国史书中的弥生时代倭
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主条目：倭·倭人相关的中国文献
在中国史书中，《论衡》记录了周代关于倭的相关知识。随后，《汉书》提到前汉时期，倭人分散居住于多个国家，并派遣使节来访。
《后汉书》（南北朝时期，成书于432年）中记载，57年，倭奴国王从后汉光武帝处接受了金印。107年，倭国王帅升（或倭面土国王帅升）向后汉献上生口。
该书还提到2世纪后半倭国发生倭国大乱，表明弥生时代末期的日本可能处于战乱状态[154]。
《三国志》的《魏志倭人传》详细记述了3世纪倭国的情况，提到卑弥呼女王统治邪马台国等内容。
吴的铜镜
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虽然中国三国时代的吴与倭国之间并无正式交往的文献记录，但在日本和中国的交易中，发现了两面刻有吴年号的画文带神兽镜：
山梨县西八代郡市川三乡町大冢的鸟居原冢古坟中出土了一面刻有赤乌元年（238年）纪年铭文的铜镜。
兵库县宝冢市安仓古坟中出土了一面刻有赤乌七年（244年）纪年铭文的铜镜。